Kontrole po złożeniu CIT‑8 i JPK – co sprawdza fiskus i jak przygotować spółkę?

Złożenie CIT‑8 i plików JPK to dla wielu zarządów moment ulgi, kiedy dokumentacja jest już skompletowana, obowiązki rozliczeniowe dopełnione i można uznać, że firma ma już za sobą rozliczenie roczne. W rzeczywistości jest to jednak punkt, od którego zaczyna się weryfikacja prawidłowości rozliczeń przez organy podatkowe. Zrozumienie, jakie działania może podjąć fiskus, czego szuka i jak się do tego przygotować, to dziś kluczowa wiedza dla firm. Na co zwrócić uwagę i jakie kontrole wyprzedzi doświadczony główny księgowy w spółce? 

Ile kontroli prowadzi KAS i jak rośnie ich skuteczność?

Według danych Ministerstwa Finansów za 2025 r. Krajowa Administracja Skarbowa przeprowadziła 2,64 mln działań w zakresie weryfikacji prawidłowości rozliczeń podatkowych – to o 9,4% więcej niż rok wcześniej. Łączna wartość ustaleń wzrosła o 29,1%: z 14,76 mld zł do 19,05 mld zł.

Co ważne dla spółek: liczba kontroli celno-skarbowych spadła o 27,4%, ale ich efektywność – mierzona wartością ustaleń – wzrosła o 46,4%. Fiskus prowadzi więc mniej działań, ale są one zdecydowanie bardziej precyzyjne i z punktu widzenia administracji skarbowej – na pewno bardziej skuteczne. Trafność typowania podatników systematycznie rośnie – między innymi dlatego, że organy mają do dyspozycji coraz więcej danych analitycznych: między innymi pochodzących z JPK_VAT, KSeF, JPK_CIT, czy informacji z wymian międzynarodowych.

Jakie działania może podjąć organ po złożeniu CIT‑8?

Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2025 r. poz. 1131) oraz ustawa o KAS przewidują kilka trybów weryfikacji, różniących się zakresem uprawnień organu, rygorami formalnymi  i możliwymi konsekwencjami dla firmy-podatnika.

Czynności sprawdzające – najczęstsza forma weryfikacji

To najlżejsza forma działania organu, prowadzona w trybie Ordynacji podatkowej, niewymagająca wszczęcia formalnego postępowania. Organ może w ich ramach:

• zażądać złożenia wyjaśnień do danych z CIT‑8 lub załączników,
• wezwać do okazania dokumentów (nota podatkowa, kalkulacje kosztów, certyfikaty rezydencji),
• sprawdzić spójność CIT‑8 z JPK_VAT, JPK_CIT, IFT‑2R i zeznaniami z lat ubiegłych,
• zweryfikować prawidłowość obliczenia i zapłaty podatku.

W 2024 r. przeprowadzono ponad 2,3 mln czynności sprawdzających – trend wzrostowy utrzymał się w 2025 r. Czynności sprawdzające nie mają ustawowego limitu czasu trwania – w praktyce kończą się w ciągu kilku tygodni od wezwania.

Kontrola podatkowa – zakres i procedura

Kontrola podatkowa jest bardziej sformalizowana i prowadzona przez naczelnika urzędu skarbowego na podstawie Ordynacji podatkowej. Zaczyna się od doręczenia upoważnienia i legitymacji służbowych. Organ ma prawo do wglądu w dokumenty źródłowe, przesłuchania świadków i oględzin miejsca prowadzenia działalności. Podatnik ma m.in. prawo do obecności w trakcie czynności i składania wyjaśnień.

Kontrola celno-skarbowa – nowe zasady od 1 października 2025 r.

To najpoważniejszy tryb – prowadzony przez Służbę Celno-Skarbową na podstawie ustawy o KAS. Dotyczy przypadków o najwyższym profilu ryzyka podatkowego. W razie stwierdzenia nieprawidłowości przekształca się automatycznie w postępowanie podatkowe.

Kluczowa zmiana obowiązująca od 1 października 2025 r. (na podstawie ustawy z 24 czerwca 2025 r., Dz.U. z 2025 r. poz. 894): po wszczęciu kontroli celno-skarbowej podatnik ma 14 dni od doręczenia upoważnienia na złożenie korekty deklaracji. Korekty złożone po upływie tego okna – a przed zakończeniem kontroli – nie wywołują skutków prawnych. To istotna zmiana, o której zarząd powinien wiedzieć zanim cokolwiek się wydarzy.

Co konkretnie sprawdza fiskus w CIT‑8?

Organy podatkowe stosują procedury analizy ryzyka i typowania podatników opartego na danych. Na podstawie oficjalnych wystąpień pokontrolnych NIK i Izb Administracji Skarbowej można wskazać obszary najczęściej weryfikowane po złożeniu CIT‑8.

Spójność CIT‑8 ze sprawozdaniem finansowym i JPK

Pierwszym punktem weryfikacji jest zawsze sprawdzenie, czy dane z CIT‑8 są spójne z:

• sprawozdaniem finansowym (wynik brutto vs podstawa opodatkowania CIT),
• deklaracjami JPK_VAT (obroty, kontrahenci, numery faktur),
• informacjami IFT‑2R (należności wypłacone nierezydentom, WHT),
• zeznaniami CIT‑8 z lat ubiegłych (historia strat, odliczenia).

Jak wynika wprost z wystąpień pokontrolnych NIK,

organy weryfikują m.in. czy odliczenia wykazane w CIT‑8 odpowiadają danym z informacji IFT‑2R, spójność kwot odliczonej straty z zeznaniami z poprzednich lat oraz prawidłowość odliczeń darowizn.

Koszty usług niematerialnych i finansowanie dłużne

Koszty usług niematerialnych nabywanych od podmiotów powiązanych (zarządzanie, IT, marketing, licencje) oraz koszty finansowania dłużnego (odsetki od pożyczek) to obszary szczególnie monitorowane przez KAS. Organy weryfikują zarówno fakt wykonania usługi, jak i rynkowość jej wyceny oraz przestrzeganie limitów z ustawy o CIT.

Podatek u źródła (WHT) – weryfikacja po złożeniu CIT‑8

Kontrole prawidłowości WHT są coraz bardziej zaawansowane. Organy korzystają z wymiany informacji podatkowych z zagranicznymi administracjami i weryfikują, czy odbiorca należności jest rzeczywistym beneficjentem oraz czy dokumentacja jest kompletna i aktualna. Sprawdzeniu mogą podlegać więc między innymi certyfikaty rezydencji czy oświadczenia o rzeczywistym właścicielu (beneficial ownership).

Straty podatkowe i ulgi – obszary podwyższonego ryzyka

Weryfikacji podlegają: prawidłowość wykazania strat z lat ubiegłych i ich rozliczenia w CIT‑8, kwoty odliczone od podatku (ulgi, darowizny) oraz dokumentacja uzasadniająca ich zastosowanie. Brak powiązania wykazanych odliczeń z dokumentami źródłowymi to jeden z najczęstszych powodów wszczęcia czynności sprawdzających.

JPK_CIT zmienia zasady weryfikacji – co widzi organ?

Nowe struktury JPK w podatkach dochodowych (JPK_KR_PD i JPK_ST_KR) wdrażane etapowo od 2025 r. zasadniczo zmieniają możliwości analityczne KAS.

Automatyczna weryfikacja kosztów NKUP i benchmarking branżowy

Dzięki JPK_KR_PD systemy KAS będą automatycznie oznaczać wydatki, które typowo nie stanowią kosztów podatkowych (np. reprezentacja, wydatki osobiste), a zostały ujęte w księgach jako koszty. Co więcej, organ będzie mógł porównać strukturę kosztów spółki z innymi podmiotami z tej samej branży, a znaczące odchylenia mogą być samodzielną podstawą do wszczęcia czynności sprawdzających. To zmiana jakościowa: fiskus nie będzie czekał na błąd w CIT‑8 – wykryje go w danych z ksiąg.

Spójność JPK_CIT z CIT‑8 i KSeF

Od 2026 r. KAS dysponuje pełną trójką danych: CIT‑8, JPK_CIT (dane z ksiąg) i KSeF (faktury). Każda niespójność między tymi źródłami, na przykład różna wartość kosztu na fakturze w KSeF i w księdze, czy koszt z faktury nieujęty w CIT‑8, będzie widoczna jako sygnał ryzyka w algorytmach analitycznych. 

To sprawia, że „posprzątanie” danych, a więc ich dobra organizacja w przejrzystych strukturach i minimum podwójna weryfikacja – nie tylko w ramach jednego dokumentu, ale także pomiędzy zbiorami danych w kilku  systemach – jest dziś koniecznością.

Najczęstsze błędy techniczne w JPK_CIT i sankcje

Błędy w strukturze pliku mogą skutkować jego odrzuceniem przez system MF:

• nieprawidłowy format danych (daty, kwoty, separatory),
• luki w polach obowiązkowych (brak NIP kontrahenta, brak numeru KSeF),
• niezgodne sumy kontrolne (obroty i salda kont),
• brak wyodrębnionych kont podatkowych wymaganych przez węzeł RPD,
• nieprawidłowe znaczniki podatkowe przy rezerwach i operacjach limitowanych.

Sankcje: grzywna do 240 stawek dziennych za przestępstwo skarbowe, mandat karny skarbowy od 280 zł do 56 000 zł za rażące uchybienia, a za każdy nieskorygowany błąd techniczny – administracyjna kara 500 zł za każdy błąd.

Co warto zrobić? Przed wysyłką JPK_CIT przetestuj plik w środowisku testowym MF dostępnym pod adresem test‑e‑dokumenty.mf.gov.pl – pozwala ono na weryfikację poprawności struktury i danych jeszcze przed ich oficjalną wysyłką.

Jak przygotować spółkę – checklista dokumentacji podatkowej

Działania prewencyjne to najlepsza obrona przed kontrolą. Poniżej lista dokumentów, które powinny być gotowe w każdym momencie po złożeniu CIT‑8 i JPK:

• Nota podatkowa z przejściem od wyniku bilansowego do podstawy opodatkowania CIT, z odwołaniami do konkretnych artykułów ustawy o CIT.
• Bilans CIT (tabela różnic trwałych i przejściowych z kwotami i podstawami prawnymi).
• Kalkulacja kosztów limitowanych (finansowanie dłużne, usługi niematerialne) z dokumentacją źródłową i analizą limitu.
• Dokumentacja WHT: certyfikaty rezydencji, oświadczenie o rzeczywistym właścicielu, opinie o stosowaniu zwolnienia (jeśli dotyczy).
• Historia strat podatkowych: arkusz z latami powstania, kwotami odliczonymi i terminami wygaśnięcia.
• Dokumentacja cen transferowych zsynchronizowana z wartościami transakcji w CIT‑8.
• Pliki JPK_CIT (JPK_KR_PD, JPK_ST_KR) wraz z UPO (Urzędowym Poświadczeniem Odbioru).
• UPO CIT‑8 i potwierdzenie zapłaty podatku.
• Teczka ulg i odliczeń: dla każdej ulgi wykazanej w CIT‑8 – osobny dokument źródłowy i kalkulacja.

Dane w różnych systemach – jak przygotować się na kontrolę:

Sprawdzony sposób to przechowywanie wszystkich powyższych dokumentów w elektronicznej „teczce CIT” (jeden folder na serwerze / chmurze, z podfolderami wg roku – dane obowiązkowo zabezpieczone backupem). Dzięki temu w sytuacji otrzymania wezwania od uprawnionego do kontroli organu, odpowiedź można przygotować w ciągu kilku-kilkunastu godzin i nie ponosić dodatkowych kosztów oddelegowania pracownika tylko do kwerendy dokumentacji i przygotowywania złożonych zestawień przez wiele dni.

Tu zdecydowanie opłaca się być przygotowanym – czyli mieć do dyspozycji komplet uporządkowanej dokumentacji w każdej chwili.

Potrzebujesz wsparcia w rozliczaniu i prowadzeniu uporządkowanej dokumentacji CIT firmy?

Skontaktuj się z zespołem Business Mind

→ Działamy na nowoczesnych systemach – własnych lub klienta,
→ mamy sprawdzone know-how transparentnej dokumentacji i weryfikacji danych księgowych spółek.
→  Od 2010 r. skutecznie prowadzimy obsługę księgową i kadrowo-płacową firm tak, by rozliczenia były na czas, a dokumentacja dostępna w każdej chwili.

Porozmawiajmy o tym, jak możemy wesprzeć Twoją firmę →